Pregarten liegt auf 425 m Höhe im unteren Mühlviertel und gehört zum politischen Bezirk Freistadt, grenzt im Norden an die Gemeinden Neumarkt im Mühlkreis, Kefermarkt und Gutau, im Osten an die Gemeinde Tragwein, im Süden an die Gemeinde Ried in der Riedmark und im Westen an die Gemeinden Wartberg ob der Aist und Hagenberg im Mühlkreis. Die Ausdehnung beträgt von Nord nach Süd 10,8 km und von West nach Ost 5 km. Die Gesamtfläche beträgt 27,7 km². 22% der Fläche sind bewaldet und 68% der Fläche landwirtschaftlich genutzt.
Das Zentrum der Stadtgemeinde liegt auf einer Anhöhe am Ostufer der Feldaist. Das Stadtgemeindegebiet umfasst folgende Ortsteile: Aist, Burbach, Gmeinerhof, Greising, Greisingberg, Grünbichl, Halmenberg, Kranzlgarten, Kriechmayrdorf, Meitschenhof, Netzberg, Pregarten, Pregartsdorf, Reichenstein, Selker, Silberbach, Wörgersdorf und Zainze.
Geographisch gesehen liegt Pregarten in der sogenannten Feldaistsenke. Darunter ist nicht das Aisttal zu verstehen, sondern die breite Senke, die an der Donau gegenüber der Traun- und Ennsmündung beginnt, über Pregarten—Kefermarkt—Freistadt führt, am Kerschbaumersattel den höchsten Punkt in Oberösterreich erreicht, sich dann hinab zur Maltsch senkt und gegen die Moldau hin verbreitert. Die Feldaistsenke bietet von alters her die natürlichste Verkehrsfurche vom Endpunkt der Salz- und Eisenstraße im Raume von Raffelstetten-Lorch in der Donauebene durch die südböhmische Pforte hin zur Moldau. Die kaum 50 Kilometer lange Wegstrecke zwischen Donau und Kerschbaumersattel hat nur rund 450 Höhenmeter zu überwinden. Durch die Feldaistsenke führt die kürzeste Verbindung von der Adria nach Böhmen.
